نوع منفصل
يتم تثبيت وحدة الغشاء والمفاعل الحيوي بشكل منفصل.
يتم ضغط السائل المختلط في المفاعل الحيوي بواسطة مضخة دوارة ثم يتم ضخه إلى نهاية الترشيح لوحدة الغشاء. تحت الضغط، يتخلل السائل الموجود في السائل المختلط عبر الغشاء، ليصبح الماء المعالج؛ يتم الاحتفاظ بالمواد الصلبة والجزيئات الكبيرة بواسطة الغشاء وإعادتها إلى المفاعل الحيوي مع التركيز.
النوع المتكامل
يتم وضع وحدة الغشاء داخل المفاعل الحيوي. يدخل ماء التغذية إلى المفاعل الحيوي الغشائي-، حيث تتم إزالة معظم الملوثات بواسطة الحمأة المنشطة في السائل المختلط، ثم يتم ترشيح الماء خارجًا بواسطة الغشاء تحت ضغط خارجي.
يتمتع هذا النوع من المفاعلات الحيوية الغشائية باستهلاك منخفض نسبيًا للطاقة لأنه يلغي نظام تدوير السائل المختلط ويعتمد على المضخة-الترشيح المساعد؛ كما أنها تتمتع بمساحة أصغر حجمًا من النوع المنفصل وقد حظيت باهتمام كبير في مجال معالجة المياه في السنوات الأخيرة. ومع ذلك، فهو بشكل عام لديه تدفق غشاء منخفض نسبيًا، وهو عرضة لتلوث الغشاء، ويصعب تنظيفه واستبداله بعد التلوث.
نوع مركب
من حيث الشكل، فهو ينتمي أيضًا إلى فئة المفاعلات الحيوية الغشائية المتكاملة. والفرق هو أن مادة التعبئة تضاف داخل المفاعل الحيوي لتكوين مفاعل حيوي ذو غشاء مركب، مما يغير بعض خصائص المفاعل.